この記事の結論
- 持分あり医療法人の相続では、何が起きるのですか。
- 換金できない出資持分に、相続税だけがかかります。相続人が納税資金のために払戻しを求めると、今度は法人からお金が出ていきます。
- いちばん危ないのは、どんなケースですか。
- 相続人のなかに、医療法人の運営に関わらない方がいる場合です。その方には法人を続ける動機がないため、払戻請求という選択が現実味を帯びます。
- いま何をすればよいですか。
- 現在の出資持分の評価額を出すことです。金額が分からないまま対策を考えても意味がありません。
なぜ「持分あり」の医療法人が残っているのか
平成19年の医療法改正により、それ以降に新しく設立される医療法人は、すべて「持分なし」になりました。いま新規で持分ありの法人を作ることはできません。
一方で、改正より前に設立された法人は「持分あり」のまま存続しています。これを経過措置型医療法人と呼びます。長く続いている診療所ほど、この形です。
福岡県内には、この持分ありの医療法人が2,247法人ありました（平成26年3月31日時点の調査）。
県内の医療法人2,677のうち、8割以上が該当していた計算です。決して例外的な話ではありません。
出典：厚生労働省「都道府県別医療法人数」（平成26年3月31日現在）
出資持分は、換金できないのに相続税がかかる
出資持分は、社員（＝医療法人の意思決定に加わる人。従業員のことではありません）が持つ財産権です。理事長に相続が起きたとき、この持分は相続財産として評価されます。
評価は、取引相場のない株式に準じた方法で行われます。長く続いた法人ほど内部留保が厚く、評価額が数億円になっていることも珍しくありません。
評価額は上がる。しかし持分は売れませんし、上場株のように換金もできません。相続人は、現金を1円も受け取っていないのに、多額の相続税を納めることになります。
実際に起きているのは、こういうことです
実務で語られる典型的な構図を、2つ挙げます（特定の事案ではなく、起こり得る形を一般化したものです）。
理事長が亡くなり、相続分が妻2分の1、医師である子4分の1、医療法人の運営に関わらない子4分の1となった。
妻と医師の子は法人を続けるため新たに社員になったが、運営に関わらない相続人から払戻請求を受けた。
理事長と絶縁状態にあった次男が、出資持分の払戻請求権を根拠に払い戻しを求めた。
共通しているのは、相続人のなかに「法人を続ける動機がない人」がいるという点です。
医院を継ぐ人にとって持分は事業の基盤ですが、継がない人にとってはただの財産です。しかも相続税だけは課される。
「では現金でください」となるのは、感情の問題ではなく構造の問題です。
払戻請求を受けると、法人はどうなるのか
社員が退社したり亡くなったりした場合、相続人は医療法人に対して持分相当額の支払いを請求できます。請求されれば、法人は現金で払わなければなりません。
評価額が数千万円から数億円ということは、その金額を法人が用意するということです。診療所の運転資金からは到底出せません。
借入で対応するにしても、返済は診療報酬から出すことになります。
医療法人からお金が流出し、法人の存続そのものが揺らぐ。院長が一代でつくった診療所が、相続をきっかけに立ち行かなくなる——これが現実に起きています。
相続が起きてからでは、打てる手が減る
対策としては、持分なしへの移行（認定医療法人制度の活用を含む）、役員退職金の設計による評価の引き下げ、後継者への計画的な移転などがあります。
ただし、どれも時間がかかります。認定医療法人制度には申請の期限があり、移行後も運営に関する要件を満たし続ける必要があります。
退職金による評価の引き下げも、支給額の妥当性を設計したうえで実行するものです。
相続が起きてから相談に来られたときには、打てる手がかなり減っています。だからこそ、まず現在の評価額を知ることから始めてください。
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最終更新：2026年9月1日
本記事は一般的な情報提供を目的としたものであり、個別の税務判断を保証するものではありません。記載の制度・取扱いは執筆時点（2026年8月）のものであり、その後の法改正等により変更される場合があります。実際のご判断にあたっては、必ず税理士等の専門家にご相談ください。
福岡で税理士事務所を営む。医療法人の設立・税務と、資産形成・相続サポートを専門とする。
税理士と行政書士の資格を一人で保有し、法人化の判断から認可申請、設立後の顧問、相続の設計までを一貫して担当している。