医療法人の理事長とiDeCo
——おすすめしない3つのケース

iDeCo（個人型確定拠出年金）は、掛けたお金がまるごと所得控除になり、運用中の利益にも税金がかからず、受け取るときにも控除が用意されています。

制度としての優遇の厚さで言えば、たしかに個人でできる資産形成の中では上位に入ります。

それでも、医療法人の理事長からご相談を受けたとき、私が「まずiDeCoから」とお答えしない場面は少なくありません。

理由は単純で、理事長にはすでに退職金という大きな出口があり、そこにiDeCoを重ねると優遇が食い合ってしまうことがあるからです。

この記事では、制度の中身を押さえたうえで、あえておすすめしない3つのケースを先にお伝えします。

まず整理——iDeCoの「3つの税制優遇」

iDeCoは、自分で掛金を出し、自分で運用先を選び、原則60歳以降に受け取る私的年金です。税制上の優遇は、入口・途中・出口の3か所に用意されています。

注意していただきたいのは、出口の優遇は「非課税」ではなく「控除がある」だけだという点です。

掛けている間に軽くなった税金は、言ってしまえば受け取りのときまで先送りされている面があります。

出口で控除の枠が余っているかどうかで、最終的な手残りは変わります。ここが、理事長にとっての本題につながります。

医療法人の理事長は、いくらまで掛けられるのか

医療法人の理事長は、法人から役員報酬を受け取る厚生年金の被保険者です。

個人事業のクリニックだったころの「国民年金の第1号被保険者」とは区分が変わり、iDeCoの拠出限度額も、企業年金のない会社員と同じ扱いになるのが一般的です。

金額は、企業年金のない厚生年金被保険者の区分で月2.3万円（年間27.6万円）です。そして、ここに大きな動きがあります。

2026年12月1日施行の制度改正で、この枠は月6.2万円へと大幅に引き上げられることが確定しています（掛金への反映は2027年1月引落分から。

国民年金の第1号被保険者も月6.8万円から7.5万円へ引き上げ）。本記事は2026年8月時点の制度に基づく解説です。実際に始める際は、必ず最新の拠出限度額をご確認ください。

ここで押さえておきたいのは、理事長にとってのiDeCoの枠は、資産形成全体で見れば決して大きくないということです。

月2.3万円なら年間27.6万円、引き上げ後の月6.2万円でも年間74.4万円。

医療法人の理事長が老後資金として準備する金額と比べると、主役ではなく脇役の位置づけになります。

この規模感を頭に置いたうえで、次の「おすすめしないケース」を読んでいただければと思います。

おすすめしない3つのケース

ケース1：近い将来、まとまった資金が必要な先生

iDeCoの最大の制約は、原則として60歳まで一切引き出せないことです。

途中でやめて現金化するという選択肢が、実質的にありません。

これは制度の欠陥ではなく、老後資金を確実に残すための設計なのですが、開業医の資金繰りとは相性が悪い場面があります。

医療機器は、更新のタイミングが読みにくいものです。故障や制度変更で前倒しになることもあります。

いつ必要になるか読み切れないお金は、60歳まで固定される器に入れない——これが基本の考え方です。

ケース2：理事長退職金の準備がすでに十分な先生

ここがこの記事の中心です。iDeCoを一時金で受け取るとき、その受取額は退職所得として扱われます。つまり、医療法人から支給する理事長退職金と、同じ土俵に乗るということです。

退職所得控除には勤続年数（iDeCoの場合は加入年数）に応じた枠がありますが、この枠は退職金とiDeCoで別々に用意されるわけではありません。

退職金だけで枠を使い切ってしまえば、iDeCoの一時金には控除が残っておらず、想定していた「出口の優遇」がほとんど効かないという結果になり得ます。

医療法人の理事長退職金は、在任年数が長くなるほど控除の枠も大きくなり、金額としても数千万円規模になることが珍しくありません。

「iDeCoの出口の優遇が使えるかどうか」は、退職金の設計を見ないと判断できないのです。

退職金そのものの仕組みは医療法人の理事長退職金の記事で詳しく扱っています。

ケース3：所得控除の恩恵がそもそも小さい先生

iDeCoの入口の優遇は「所得控除」です。つまり、効き目の大きさは、その先生に適用される税率に比例します。所得が高いほど大きく効き、所得が低ければ小さくしか効きません。

医療法人の理事長は所得が高いケースが多いのですが、常にそうとは限りません。

役員報酬を抑えて法人に利益を残す方針をとっている年、設立直後で報酬をまだ低く設定している年、体調や事業の都合で診療を縮小している年——こうした状況では、所得控除の効果が想定より小さくなります。

そして所得が低い年ほど、資金の余裕そのものが小さいのが普通です。効き目が薄いうえに、60歳まで動かせない。この組み合わせは、あまり良い判断とは言えません。

最大の論点は、理事長退職金との「受取時期の調整」

ケース2でお伝えしたとおり、理事長にとってiDeCoの成否を決めるのは、掛けている間の話ではなく出口の設計です。

そしてこの出口には、もう一段の論点があります。受け取る順序と間隔です。

税法には、退職金とiDeCoの一時金を別の年に受け取った場合に、退職所得控除の枠が重ならないよう調整する仕組みがあります。具体的には次の2つです。

• iDeCoの一時金を後に受け取る場合——前年以前19年内に受け取った退職金があると、控除の枠が調整されます
• 退職金を後に受け取る場合——調整の対象期間が前年以前4年内から9年内に拡大されました（令和7年度税制改正。令和8年1月1日以後に支払を受ける退職金から、すでに適用されています）

したがって、どちらを先に受け取るか、両者を何年空けるかによって、最終的な手取りが変わります。

実務でいちばん惜しいと感じるのは、理事長の勇退時期がほぼ決まっているのに、iDeCoの受取設計と切り離して考えられているケースです。

iDeCoには、一時金で受け取るか、年金形式で受け取るか、あるいは組み合わせるかという選択肢もあります。

年金形式であれば公的年金等控除の側で受け止めることになり、退職所得控除の食い合いを避けられる場合があります。

どの形が有利かは、退職金の金額、在任年数、iDeCoの加入年数、勇退の年齢、そのときの公的年金の受給状況によって変わります。

これは「iDeCoの話」ではなく「理事長の出口設計の話」です。顧問税理士と一緒に、退職金とセットで組み立ててください。

節税商品から入らない。資金の流動性から考える

ここまで「おすすめしないケース」を並べてきましたが、iDeCoを否定しているわけではありません。

60歳まで動かす予定のない資金があり、所得が高く、退職金の設計にまだ余白がある先生にとっては、有効な選択肢です。

優遇の厚さは本物です。

申し上げたいのは、順序の話です。「節税になる商品はどれか」から入ると、資金の流動性という一番大事な条件が後回しになります。先に見るべきは、次の順番だと考えています。

• これから数年で、法人と個人にどれだけの支出予定があるか
• 手元にいくら残しておけば、機器更新や採用の判断を遅らせずに済むか
• 理事長の勇退時期と、退職金の想定額はどれくらいか
• そのうえで、なお60歳まで固定してよい資金がいくらあるか

この4つ目まで来て、はじめてiDeCoの出番です。

2026年12月に枠が月6.2万円へ広がるとはいえ、判断の順序を間違えてまで急ぐ制度ではありません。

医療法人の理事長にとっては、退職金・社宅・所得分散といった法人だからこそ使える仕組みのほうが、金額の規模ではるかに大きく効きます。

iDeCoは、それらを整えたあとの余白で考える——それが現実的な位置づけだと思います。

最終更新：2026年9月1日

税理士・行政書士山下 久幸

福岡で税理士事務所を営む。医療法人の設立・税務と、資産形成・相続サポートを専門とする。

税理士と行政書士の資格を一人で保有し、法人化の判断から認可申請、設立後の顧問、相続の設計までを一貫して担当している。

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