医療法人の理事長とふるさと納税
——限度額と、落とし穴

年末が近づくと、必ずといっていいほど話題に出るのがふるさと納税です。

理事長の先生方からも「今年はいくらまでいけますか」というご質問をよくいただきます。

返礼品の楽しみもあり、すっかり定着した制度になりました。

ただ、この制度は厳密には「節税」ではありません。

そして、医療法人の理事長にはほかの給与所得者とは少し違う注意点があります。

とくに、役員報酬を改定した年と、退職金を受け取った年。

この記事では、仕組みを正確に押さえたうえで、先生の立場で気をつけるべき点を整理します。

ふるさと納税は「節税」ではない——仕組みを正確に

ふるさと納税は、名前に「納税」と付いていますが、法律上の性格は自治体への寄附です。

寄附をすると、自己負担となる2,000円を除いた金額が、その年の所得税と、翌年度の住民税から差し引かれます（一定の限度額の範囲内であれば、という条件付きです）。

ここで押さえていただきたいのは、手元のお金が増えるわけでも、税負担の総額が軽くなるわけでもないということです。

たとえば10万円を寄附すれば、10万円は実際に財布から出ていきます。

そのうち9万8,000円分だけ、あとから所得税・住民税が減る。

差し引きすると、納める先が変わっただけで、負担している金額はほぼ同じです。

もう一点、資金繰りの観点も付け加えておきます。

寄附はその年の12月31日までに支払いを済ませる必要があるのに対し、住民税から差し引かれるのは翌年6月以降です。

つまり、寄附した金額はしばらく先に出ていったままになります。

まとまった金額を年末に寄附する場合は、この時間差も頭の片隅に置いておいてください。

理事長にとっての本丸は「控除限度額」

ふるさと納税で実務上いちばん重要なのが、控除限度額です。自己負担2,000円で済む金額には上限があり、これを超えた部分は控除されません。

限度額を決めるのは「所得」と「家族構成」

限度額は、大まかに言えばその年の所得の大きさと、扶養している家族の状況で決まります。

所得が大きいほど限度額は上がり、配偶者控除や扶養控除などが多いほど、その分だけ限度額は下がります。

生命保険料控除や医療費控除、住宅ローン控除といった他の控除も、限度額に影響します。

理事長は、本来「読みやすい」立場にある

ここは医療法人の理事長にとって有利な点です。役員報酬は定期同額給与が原則で、期の途中で自由に増減させることができません。

裏を返せば、年間の給与収入の見込みが年初の時点でほぼ確定しているということです。

歩合や賞与で年収が上下する方に比べれば、理事長は限度額の見積もりを立てやすい立場にあります。

年末になってから慌てて計算するのではなく、年の前半のうちに枠を把握し、計画的に寄附できるのが本来の姿です。

限度額を読み違える2つの年——報酬改定と、退職金

理事長が限度額を読み違えやすいのは、所得が例年と大きく変わる年です。医療法人特有の場面として、次の2つを挙げておきます。

1. 役員報酬を改定した年

役員報酬の改定は、通常、事業年度の開始から3か月以内に行います。

ここで注意していただきたいのが、法人の事業年度と、個人の所得を計算する暦年（1月〜12月）はズレているという点です。

たとえば3月決算の医療法人であれば、報酬改定は6月分から反映されるのが一般的です。

この場合、その年（1月〜12月）の給与収入は、1月〜5月が旧報酬、6月〜12月が新報酬という混在した形になります。

改定後の月額をそのまま12倍して限度額を試算すると、実態とかけ離れた数字が出てしまいます。

2. 理事長退職金を受け取った年

理事長退職金は、生涯で一度あるかどうかという大きな入金です。

「今年は所得が跳ね上がるから、ふるさと納税の枠も大きく増えるはずだ」——そう考えたくなるところですが、ここは慎重に扱うべき論点です。

退職金は退職所得という区分になり、給与所得などとは分けて課税される（分離課税）のが特徴です。

退職所得控除が差し引かれたうえで、残りの2分の1が課税対象になるという、税負担が大きく抑えられた扱いになっています。

この分離課税という性格から、退職金を受け取ったからといって、ふるさと納税の限度額が単純にその分だけ増えるとは限りません。

そのほか、所得が動きやすい場面

• 分院の開設や事業譲渡など、法人の業績が大きく動き、報酬水準を見直した年
• 自宅や投資用不動産を売却し、譲渡所得が発生した年
• 医療法人化の前後で、個人の事業所得から役員報酬へ切り替わった年
• 高額な医療費がかかり、医療費控除を受ける年

いずれも「例年どおり」が通用しない年です。去年と同じ金額を寄附しておけば安心、とはいかないとお考えください。

ワンストップ特例が使えるとき、使えないとき

ふるさと納税の控除を受ける方法は2つあります。確定申告をする方法と、ワンストップ特例制度を使う方法です。

ワンストップ特例のあらまし

ワンストップ特例は、確定申告をしなくても控除を受けられる仕組みです。

寄附のたびに寄附先の自治体へ申請書を提出しておけば、自治体間で情報がやりとりされ、翌年度の住民税から控除されます。

主な要件は次のとおりです。

理事長の場合、そもそも使えないことがあります

ここが実務でいちばん行き違いの起きやすいところです。

加えて、理事長の場合は役員報酬の水準そのものによって確定申告が必要になるケースがあります。

給与収入が一定額を超える方は年末調整の対象外となり、毎年確定申告をすることになります。

この場合、そもそも最初からワンストップ特例の対象外です。ご自身がどちらの立場なのか、顧問税理士に確認しておいてください。

限度額を超えたらどうなるか、そして確認の手順

限度額を超えて寄附した場合、その超えた部分は控除の対象になりません。

制度の趣旨からすればごく自然な話で、純粋な寄附になります。

自治体を応援する気持ちで寄附されるのであれば何の問題もありませんが、「2,000円の自己負担で返礼品を」と考えていた場合は、想定外の出費になります。

この記事で具体的な限度額の目安表を載せていないのは、意図的です。限度額は所得の区分や控除の状況によって細かく変わり、目安表だけを見て判断すると、かえって誤解を招きます。

とくに理事長の場合、役員報酬以外の所得や、前述の報酬改定・退職金といった事情が絡むため、一般的な早見表では読み切れません。

確認は、この順番で

• まずポータルサイトのシミュレーターで概算をつかむ——各ふるさと納税ポータルサイトに用意されています。あくまで概算ですが、桁感の把握には十分役立ちます
• その年に所得の変動要因がないか洗い出す——報酬改定、退職金、不動産の売却、医療費控除など
• 変動要因があるなら、寄附する前に顧問税理士に確認する——ここが最も確実です。前年の源泉徴収票や確定申告書を見れば、精度の高い試算ができます
• 翌年6月の住民税決定通知書で、控除されているか確かめる——手続きが漏れていないかの最終チェックです

ふるさと納税は、正しく使えば手軽で、返礼品という分かりやすい見返りもある制度です。

ただ、これ自体は税負担を減らす手段ではありません。

医療法人の理事長にとっての本格的な税務対策は、役員報酬の設計、退職金の準備、資産の持ち方といった、もっと大きな枠組みの話になります。

ふるさと納税は、そのうえに乗せる“おまけ”くらいの位置づけで考えていただくのが健全です。

最終更新：2026年9月1日

税理士・行政書士山下 久幸

福岡で税理士事務所を営む。医療法人の設立・税務と、資産形成・相続サポートを専門とする。

税理士と行政書士の資格を一人で保有し、法人化の判断から認可申請、設立後の顧問、相続の設計までを一貫して担当している。

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