2026年10月1日から、インボイスの経過措置が80%から70%に下がります。
関係するのは、インボイスを出していない相手に払っているお金です。 歯科技工所、材料店、清掃、リネン、個人で来ている非常勤の先生。 医院の取引先には、意外とこういう相手がいます。
ただしまったく関係のない医院も多いです。 まず、自分が関係するのかどうかを3分で確かめてください。
この記事の結論
- うちは関係ありますか。
- 消費税を納めていて、なおかつ本則課税の医院だけ関係します。消費税を納めていない医院（免税事業者）と、簡易課税の医院は、いっさい関係ありません。
- 何が変わるのですか。
- インボイスを出せない相手に払った消費税について、いままで80%を引けていたのが70%になります。その先も、2028年10月に50%、2030年10月に30%、2031年10月には0%と下がっていきます。
- いくら損しますか。
- 個人の技工所に年200万円払っている歯科医院で、年およそ7千円です。医院は保険診療が多く、もともと引ける額が小さいので、効き方も小さくなります。1回1万円未満の支払いなら、そもそもインボイスは要りません。慌てて取引先を変えるような話ではありません。
まず、自分が関係するか確かめる
順番に見てください。3つで終わります。
| 確認 | 結果 | |
|---|---|---|
| ① | 消費税を納めていますか | 納めていない → ここで終わり。関係ありません |
| ② | 簡易課税を選んでいますか | 選んでいる → ここで終わり。関係ありません |
| ③ | 本則課税ですか | そうなら、続きをお読みください |
保険診療だけの医院は、たいてい①で終わります。 自費が年1,000万円以下なら消費税を納めていないので、 仕入の消費税を引く計算そのものがありません。
簡易課税を選んでいる医院も同じです。 簡易課税は実際に何を買ったかを見ない計算方法なので、 相手がインボイスを出せるかどうかは関係ありません。
自分がどれか分からない場合は、 自費が1,000万円を超えたらをご覧ください。
10月1日から70%。その先も下がります
インボイスを出せない相手に払った消費税は、本来なら1円も引けません。 ただし急に全部ダメにすると影響が大きいので、少しずつ下げる決まりになっています。
| いつ払った分か | 引ける割合 |
|---|---|
| 〜2026年9月30日 | 80% |
| 2026年10月1日〜2028年9月30日 | 70% |
| 2028年10月1日〜2030年9月30日 | 50% |
| 2030年10月1日〜2031年9月30日 | 30% |
| 2031年10月1日〜 | 0%（引けません） |
もともとは2029年9月で終わる予定でしたが、2年延びて2031年9月までになりました。 そのかわり下がり方が細かくなり、70%と30%という段が新しく増えています。
決算月が9月や10月でなくても関係なく、2026年9月30日までの分は80%、10月1日からの分は70%です。 1つの事業年度の中で、途中から割合が変わります。
医院で引っかかるのは、この5つ
インボイスを出せないのは、消費税を納めていない小さな事業者と、個人の方です。 医院の取引先でいうと、こうなります。
| 相手 | ありがちな状況 |
|---|---|
| 歯科技工所 | 個人でやっている技工士さん。登録していないことがある |
| 清掃・リネン | 個人事業の業者さん |
| 非常勤の先生 | 雇用ではなく業務委託で払っている場合 |
| 大家さん | 個人の大家さんから借りている場合の家賃 |
| 駐車場 | 近所の個人の方から借りている場合 |
大手の材料商社やメーカーは、まず登録しています。 問題になるのは個人でやっている相手です。
① 請求書に「T」で始まる13桁の番号があるか見る
② 国税庁の「適格請求書発行事業者公表サイト」で番号を調べる
番号がなければ、その相手はインボイスを出していません。
なおスタッフの給料は、そもそも消費税がかかりません。 非常勤の先生も、雇用で給料として払っているなら関係ありません。 引っかかるのは「業務委託として報酬を払っている」場合だけです。
実際にいくら増えるのか
個人の技工所に、年200万円（税込）払っている歯科医院で考えます。 自費の割合は37.5%とします。
| 2026年9月まで | 2026年10月から | |
|---|---|---|
| 支払いに含まれる消費税 | 約18万円 | 約18万円 |
| 経過措置で使える分 | 80% → 14.5万円 | 70% → 12.7万円 |
| 実際に引ける分（自費37.5%） | 約5.4万円 | 約4.7万円 |
| 差 | 年 約7千円 | |
年間7千円です。 正直に申し上げて、これで取引先を変える話にはなりません。
なぜこんなに小さいかというと、医院は保険診療が多いので、もともと消費税をあまり引けないからです。 引ける額が小さいので、その割合が10ポイント下がっても、金額としては大きくならない。
一般の会社なら全額引けるところが引けなくなるので、もっと痛い。 医院は、この改正の影響がいちばん小さい業種のひとつです。
1回1万円未満なら、インボイスは要りません
もうひとつ、知っておいていただきたい決まりがあります。
1回の支払いが税込1万円未満なら、インボイスがなくても全額引けます。 帳簿に書いておくだけで済みます。
| 内容 | |
|---|---|
| 使える医院 | 2年前の課税売上が1億円以下（または前年上半期が5,000万円以下） |
| 対象 | 1回の支払いが税込1万円未満の課税仕入れ |
| いつまで | 2029年9月30日まで |
判定は1回の取引ごとです。商品1つずつではありません。 1万2千円の請求書を、6千円の商品2つに分けて考えることはできません。
医院の自費売上が1億円を超えることはまずありませんので、 ほとんどの医院がこの特例を使えます。 少額の支払いについては、インボイスの有無を気にしなくて済みます。
取引先を変えるべきか
変えなくていい、というのが私の考えです。
理由は3つあります。
| 理由 | |
|---|---|
| ① | 金額が小さい。年数千円〜数万円のために、腕のいい技工所を替えるのは損 |
| ② | 1回1万円未満なら、そもそも関係ない |
| ③ | 医院は保険診療が多いので、もともと引ける額が少ない |
技工物の質は、患者さんの満足と再治療の手間に直結します。 年数千円の税金と、技工の質。比べるまでもありません。
ただし、やっておいたほうがよいことが1つあります。 主な取引先が登録しているかどうか、一度だけ確かめることです。 請求書に「T」で始まる番号があるかを見るだけです。 把握していれば、経理で迷わなくなります。
最後に。 相手に「登録してください」と迫るのは、やめたほうがいいと思います。 登録すれば相手は消費税を納めることになります。 小さな技工所にとっては大きな負担です。 年数千円のために、長年の取引先に負担を押しつける——医院がやることではありません。
出典：国税庁「令和8年度税制改正特集」（インボイス制度の見直し）。 免税事業者等からの課税仕入れに係る経過措置の控除可能割合は、令和8年10月1日〜令和10年9月30日が70%、 令和10年10月1日〜令和12年9月30日が50%、令和12年10月1日〜令和13年9月30日が30%、 適用期限を2年間延長。令和8年9月30日までは80%。 少額特例は国税庁「少額特例（一定規模以下の事業者に対する事務負担の軽減措置）の概要」により、 基準期間の課税売上高1億円以下または特定期間の課税売上高5,000万円以下の事業者が、 令和5年10月1日から令和11年9月30日までに行う税込1万円未満の課税仕入れについて、 帳簿のみの保存で仕入税額控除ができる（判定は一回の取引ごと）。 試算は分かりやすさを優先した目安です。いずれも2026年9月時点。
先生の医院に影響があるかどうか、すぐ分かります。
消費税を納めているか、簡易課税か本則課税か。 この2つが分かれば、関係あるかないかは1分で判定できます。 関係がある場合は、取引先のうちどこが対象かと、年間でいくら増えるかまで出します。
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最終更新：2026年9月11日
本記事は一般的な情報提供を目的としたものであり、個別の税務判断を保証するものではありません。記載の制度・取扱いは執筆時点（2026年9月）のものであり、その後の制度改正等により変更される場合があります。加入資格の可否は個別の事情によって異なりますので、実際のご判断にあたっては、必ず中小機構および税理士等の専門家にご確認ください。
福岡で税理士事務所を営む。医療法人の設立・税務と、資産形成・相続サポートを専門とする。
税理士と行政書士の資格を一人で保有し、法人化の判断から認可申請、設立後の顧問、相続の設計までを一貫して担当している。