消費税を納めることになった医院には、計算のしかたが2つあります。 簡易課税と本則課税です。
どちらを選ぶかで、納める金額が数十万円変わります。 しかも選べるのは年が始まる前だけ。あとから直せません。
結論から言うと、ふつうの年は簡易課税が有利な医院が多いです。 ただし大きな機器を買う年は、きれいに逆転します。
この記事の結論
- 2つの違いは何ですか。
- 本則課税は、実際に払った消費税を1件ずつ集計して差し引きます。簡易課税は、実際にいくら払ったかを見ずに、もらった消費税の50%を差し引いたものとみなして計算します。医療は50%です。
- どちらが得ですか。
- ふつうの年は簡易課税です。医院は保険診療が多く、本則課税だと払った消費税のごく一部しか差し引けないためです。機器を買う年は本則課税。場合によっては還付を受けられます。
- いつまでに決めるのですか。
- その年が始まる前の日までです。個人の医院で2028年から簡易課税にしたいなら、2027年12月31日まで。1日でも過ぎたら、その年は本則課税になります。
簡易課税は「50%」で計算します
簡易課税は、実際の仕入を見ません。 もらった消費税に、決められた率をかけるだけです。
率は業種で決まっていて、医療は50%です。 国の分類で「医療、福祉」はサービス業の仲間に入るため、この率になります。
| 売上の中身 | 差し引ける割合 |
|---|---|
| 自由診療・健診・予防接種・文書料など | 50% |
| 歯ブラシ・サプリ・化粧品などの物販 | 80% |
| テナントや駐車場の賃料 | 40% |
物販は率が高いので、分けて記録しておくと有利になります。 分けていないと、全部まとめていちばん低い率で計算されます。 ここはレジの設定と帳簿のつけ方の問題です。
ふつうの年で比べてみます
収入8,000万円（保険5,000万・自費3,000万）の歯科医院で見てみます。 1年の仕入・経費は3,000万円とします。
| 簡易課税 | 本則課税 | |
|---|---|---|
| 患者さんからもらった消費税 | 300万円 | 300万円 |
| 差し引ける消費税 | 300万×50%＝150万円 | 300万×37.5%＝112万円 |
| 納める消費税 | 150万円 | 188万円 |
簡易課税のほうが38万円安くなりました。
理由は本則課税の「37.5%」です。 これは収入に占める自費の割合（3,000万÷8,000万）。 保険診療が多い医院ほど、この割合は下がります。 そして割合が下がるほど、本則課税では差し引ける額が減ります。
自費の割合が50%を下回ると、本則課税では払った消費税の半分も差し引けません。 一方、簡易課税はいつでも50%。 だから自費が半分以下の医院は、簡易課税が有利になりやすいのです。
機器を買う年は、逆転します
同じ医院が、その年に3,000万円の機器を入れたとします。
| 簡易課税 | 本則課税 | |
|---|---|---|
| もらった消費税 | 300万円 | 300万円 |
| 払った消費税 | （見ません） | 600万円 |
| 差し引ける消費税 | 150万円 | 600万×37.5%＝225万円 |
| 納める消費税 | 150万円 | 75万円 |
今度は本則課税のほうが75万円安い。
簡易課税は、実際にいくら使ったかを見ません。 だからどれだけ大きな買い物をしても、納税額は1円も変わりません。 ここが簡易課税の弱点です。
自費専用の機器なら、還付まで届くことがあります
本則課税には、もうひとつ有利な計算方法があります。 自費のためだけに使うものは、払った消費税を全額差し引けるという方法です。
さきほどの3,000万円の機器が、矯正や審美にしか使わないものだったとします。
| 金額 | |
|---|---|
| 機器の消費税（自費専用なので全額） | 300万円 |
| その他の仕入の消費税（300万×37.5%） | 112万円 |
| 差し引ける合計 | 412万円 |
| もらった消費税 | 300万円 |
| 結果 | 112万円が戻ってきます |
納めるどころか、還付です。 ただしこれには条件があります。 その機器を保険診療にはいっさい使わないこと。 少しでも保険で使うなら、共通のものとして割合で分けます。
帳簿の付け方も問われます。買った時点で「これは自費専用」と分けて記録していないと、 あとから主張しても通りません。
選べる条件と、外せない期限
| 内容 | |
|---|---|
| 選べる医院 | 2年前の自費などの売上が5,000万円以下 |
| 届出 | 消費税簡易課税制度選択届出書 |
| 期限 | その年が始まる前の日まで |
| しばり | 一度選ぶと2年間は変えられません |
期限がすべてです。 2028年から簡易課税にしたい個人の医院なら、2027年12月31日。 年が明けてから「今年は簡易課税で」はできません。
税抜1,000万円以上の機器や建物を買うと、
その後3年間は簡易課税を選べません。
「機器を買う年だけ本則課税にして、翌年から簡易課税に戻る」は、
金額が大きいとできない仕組みです。
では、どう決めればいいか
判断の順番は、こうです。
| 確認すること | 目安 | |
|---|---|---|
| ① | これから3年で、大きな設備投資の予定があるか | あるなら本則課税を検討 |
| ② | 自費の割合が50%を超えているか | 超えていないなら簡易課税が有利になりやすい |
| ③ | その機器は自費専用か | 専用なら本則課税の効果が大きい |
| ④ | 物販を分けて記録できているか | 分ければ80%で計算できる |
①がいちばん大事です。 ユニットの入れ替え、内装、CTの導入。3年先まで思い出してください。 2年しばりがあるので、目先の1年だけで決めると損をします。
なぜそもそも医院が消費税で不利なのかは、 払った消費税が返ってこない話に書きました。 いつから納税する側になるのかは、 自費が1,000万円を超えたらをご覧ください。
最後に。 この判断は、勘でやるものではありません。 数字を入れれば、どちらが得かははっきり出ます。 3年分の設備投資の予定と、保険・自費の割合。 この2つが分かれば、答えは出ます。 届出の期限だけは戻せませんので、12月に慌てないように、秋のうちに決めておいてください。
出典：国税庁タックスアンサー No.6505「簡易課税制度」（基準期間の課税売上高5,000万円以下、 届出はその課税期間の初日の前日まで、2年間の継続、みなし仕入率は第五種事業50%・第二種事業80%・第六種事業40%）。 医療が第五種事業にあたる根拠は消費税法基本通達13-2-4（日本標準産業分類の大分類「医療、福祉」）。 同 No.6401「仕入控除税額の計算方法」（個別対応方式・一括比例配分方式）。 同 No.6502「高額特定資産を取得した場合等の納税義務の免除等の特例」（税抜1,000万円以上）。 試算は分かりやすさを優先した目安で、実際の金額は仕入の中身によって変わります。いずれも2026年9月時点。
簡易課税と本則課税、先生の医院はどちらが得か計算します。
直近の決算書と、これから3年の設備投資の予定を教えてください。 両方で試算して、金額の差と、いつまでに何を出すかをお伝えします。 届出の期限は1日でも過ぎると効きませんので、年末より前にご相談ください。
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最終更新：2026年9月11日
本記事は一般的な情報提供を目的としたものであり、個別の税務判断を保証するものではありません。記載の制度・取扱いは執筆時点（2026年9月）のものであり、その後の制度改正等により変更される場合があります。加入資格の可否は個別の事情によって異なりますので、実際のご判断にあたっては、必ず中小機構および税理士等の専門家にご確認ください。
福岡で税理士事務所を営む。医療法人の設立・税務と、資産形成・相続サポートを専門とする。
税理士と行政書士の資格を一人で保有し、法人化の判断から認可申請、設立後の顧問、相続の設計までを一貫して担当している。