帳簿を税込で付けるか、税抜で付けるか。 経理の細かい話に見えますが、医院では、ここで納める税金が変わります。
しかも一般の会社と、答えが逆になります。 会社の教科書には「税抜経理のほうが有利」と書いてあることが多い。 医院は、たいてい税込経理のほうが楽です。
理由は1つ。保険診療に消費税がかからないからです。
この記事の結論
- 2つの違いは何ですか。
- 税込経理は、消費税を含んだ金額でそのまま帳簿に付けます。税抜経理は、消費税を分けて別に記録します。どちらを選んでもよく、届出も要りません。
- 医院はどちらがいいですか。
- たいていは税込経理です。税抜にすると、医院では「引けなかった消費税」が大量に出て、その一部を5年かけて少しずつ経費にすることになります。手間が増えて、経費になるのも遅れます。
- 税込にすると損なことはありますか。
- あります。機器や備品の「いくらまでなら全額経費」という線を、税込で見ることになります。40万円未満の特例なら、税抜36万4千円の機器が税込40万1千円になって、使えなくなることがあります。
2つの付け方があります
110万円の機器を買ったとします。本体100万円、消費税10万円です。
| 帳簿に載る機器の値段 | 消費税10万円の扱い | |
|---|---|---|
| 税込経理 | 110万円 | 機器の値段に含めてしまう |
| 税抜経理 | 100万円 | 別に記録して、申告で精算する |
どちらを選んでもかまいません。届出も要りません。 ただし途中でころころ変えるものではなく、医院全体で統一します。
医院が税抜にすると、何が起きるか
税抜経理は、こういう考え方です。
「払った消費税10万円は、あとで申告のときに引けるから、 経費ではなく“預けたお金”として別にしておこう」
ふつうの会社ならこれで合います。払った消費税はほぼ全額引けるからです。
ところが医院は、払った消費税のほとんどを引けません。 保険診療が消費税のかからない売上なので、そこに対応する分は取り戻せないのです。 くわしくは払った消費税が返ってこない話に書きました。
税抜経理で「あとで引ける」と思って別にしておいた10万円のうち、
引けるのは自費の割合の分だけ。自費が1割なら1万円です。
残りの9万円は、行き場を失います。これを引けなかった消費税といいます。
この「引けなかった消費税」を、どう処理するか。 ここで手間が増えます。
5年かけて経費にする、という扱い
引けなかった消費税は、中身によって扱いが分かれます。
| 何について出たか | 扱い |
|---|---|
| 経費（材料・光熱費・委託費など）について | その年に全額経費 |
| 機器・建物などについて （1つで20万円未満） | その年に全額経費 |
| 機器・建物などについて （1つで20万円以上） | 5年に分けて少しずつ経費 |
問題は3段目です。 1つの機器について引けなかった消費税が20万円以上あると、その年に全部は経費にできません。 5年（60か月）に分けます。しかも最初の年は、その半分だけです。
消費税300万円。自費の割合が10%なら、引けるのは30万円。引けなかった分は270万円。
20万円以上なので、5年に分けます。最初の年に経費にできるのは27万円だけ。
税込経理なら、この270万円は機器の値段に含まれて、耐用年数で普通に減価償却されます。
なお、その年の自費の割合が8割以上なら、引けなかった分もその年に全額経費にできます。 ただし自費が8割を超える医院は、美容や自由診療専門くらいです。 保険診療をやっている医院には、まず当てはまりません。
税込にしたときの、唯一の弱点
では税込経理に弱点はないのか。1つだけあります。
「いくらまでなら全額経費にできるか」という線を、税込で見ることになることです。
| 機器の値段 | 税抜経理なら | 税込経理なら |
|---|---|---|
| 税抜36万4千円（税込40万円） | 36万4千円で判定 → 使える | 40万円ちょうどで判定 → 使えない |
| 税抜30万円（税込33万円） | 30万円で判定 → 使える | 33万円で判定 → 使える |
40万円未満なら買った年に全額経費にできる特例があります。 少額減価償却資産が40万円未満にに書いたとおりです。
税込経理だと、この40万円の線に届きにくくなります。 税抜36万4千円を超えると、もう使えません。
とはいえ、この差で不利になるのはちょうど境目にある機器だけです。 一方、さきほどの「5年に分けて経費」は、高い機器を買うたびに効いてきます。 どちらの影響が大きいかといえば、後者です。
消費税を納めていない医院は、選べません
自費が年1,000万円以下で消費税を納めていない医院は、 税込経理しか選べません。
消費税を精算する申告そのものがないので、分けて記録する意味がないからです。 迷う必要がありません。
自分がどちらか分からない場合は、 自費が1,000万円を超えたらをご覧ください。
では、どう決めるか
| 医院の状況 | おすすめ |
|---|---|
| 消費税を納めていない | 税込経理（それしかありません） |
| 簡易課税を選んでいる | どちらでも。手間の少ない税込経理で十分 |
| 本則課税・自費が5割未満 | 税込経理。引けない消費税が多く出るため |
| 本則課税・自費が8割以上 | 税抜経理。ふつうの会社と同じ考え方でよい |
保険診療をやっている医院なら、ほとんどが上の3つに入ります。 つまり、税込経理です。
「一般の会社は税抜のほうが有利」という話を聞いて、 わざわざ税抜に変えた医院を見たことがあります。 医院では、逆になることがあると覚えておいてください。
最後に。 この選択は、節税というより手間と分かりやすさの問題です。 税込経理なら、通帳や請求書の金額がそのまま帳簿に載ります。 先生が試算表を見たときに、実際に動いたお金と数字が一致する。 忙しい先生にとって、それがいちばん大きいと思います。
出典：国税庁タックスアンサー No.6921「控除できなかった消費税額等（控除対象外消費税額等）の処理」 （税抜経理方式で課税売上高5億円超または課税売上割合95%未満のときに控除対象外消費税額等が生じる。 資産に係るものは、課税売上割合80%以上、または一の資産に係る金額が20万円未満であればその事業年度の損金。 それ以外は繰延消費税額等として60で除して事業年度の月数を乗じた金額の範囲内で損金算入し、 取得年度はその2分の1。経費に係るものは全額その事業年度の損金）。 少額減価償却資産の判定金額は、採用している消費税の経理方式による。 同 No.6501「納税義務の免除」。試算は分かりやすさを優先した目安です。いずれも2026年9月時点。
いまの帳簿がどちらか、確かめてみませんか。
決算書と試算表を見れば、どちらの方式で付けているかはすぐ分かります。 医院の自費の割合に照らして、いまのままでよいか、変えたほうがよいかをお伝えします。 変えるなら、期の途中ではなく期首からが基本です。
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最終更新：2026年9月11日
本記事は一般的な情報提供を目的としたものであり、個別の税務判断を保証するものではありません。記載の制度・取扱いは執筆時点（2026年9月）のものであり、その後の制度改正等により変更される場合があります。加入資格の可否は個別の事情によって異なりますので、実際のご判断にあたっては、必ず中小機構および税理士等の専門家にご確認ください。
福岡で税理士事務所を営む。医療法人の設立・税務と、資産形成・相続サポートを専門とする。
税理士と行政書士の資格を一人で保有し、法人化の判断から認可申請、設立後の顧問、相続の設計までを一貫して担当している。