保険診療の医院にインボイスは関係あるのか｜80%→70%で技工料の消費税はいくら減るか

「保険診療には消費税がかからない。だからインボイスは関係ない」。 そう思っている先生は多いです。

半分は正しいです。 でも医院とインボイスの関係は、払う側と受け取る側の2つに分けて考える必要があります。 2026年10月1日から、インボイスのない相手から仕入れたときに引ける消費税が、80%から70%に下がりました。 これで損が出るのは、払う側のごく一部の医院だけです。

一方、受け取る側の医院は、登録しないほうがいいことがほとんどです。 「よく分からないまま登録して、払わなくていい消費税を払っている」。 これがいちばんもったいないケースです。

医院とインボイスは「払う側」と「受け取る側」

インボイスは、消費税を納める事業者が出す、登録番号つきの請求書です。 医院から見ると、関わり方は2つあります。

今回の80%→70%は、払う側の話です。 ただ現場で相談が多いのは、むしろ受け取る側の「うちも登録したほうがいいのか」です。 順番に見ていきます。

払う側で影響が出るのは、本則課税の医院だけ

インボイスを出せない相手（免税の個人の技工士さんなど）から仕入れた分は、本来、消費税を引けません。 急に0にすると影響が大きいので、引ける割合を段階的に下げています。

令和8年度の税制改正で、期限が2年延び、70%と30%の段が加わりました。 日付は請求書の日付ではなく、技工物を受け取った日、作業をしてもらった日で分けます。 全体の流れと、関係するかの判定はインボイスの80%が、10月から70%に下がりますにまとめました。

ここで影響が出るのは、消費税を納めていて、本則課税を選んでいる医院だけです。

医院で対象になりやすい支払い

非常勤の先生でも、給料として払っているなら消費税は関係ありません。 報酬で払っている場合は、源泉徴収の扱いにも注意が要ります。非常勤の先生への支払いもあわせてご覧ください。

技工料600万円の歯科医院で計算します

動画では「会社の消費税はいくら増えるか」を計算しました。 医院でも計算してみます。ここで効いてくるのが、その技工料が保険用か、自費用かです。

本則課税の医院は、払った消費税を「自費のため」「保険のため」「両方」に分けて引く方法（個別対応方式）が使えます。 自費のためだけの仕入は全額、両方に使うものは自費の割合だけ、保険のためだけのものは引けません。 理由は払った消費税が返ってこない話に書きました。

例えば、保険6,000万円・自費2,000万円の歯科医院（自費の割合25%）が、 免税の個人技工所に技工料を年600万円（税込660万円、消費税60万円）払っているとします。

保険の技工物は、もともと消費税を引けません。だから80%でも70%でも変わりません。 影響が出るのは自費の技工物だけです。 自費中心の歯科ほど、10ポイントがそのまま効きます。

2028年10月に50%になると、全部自費のケースで引けるのは30万円。 相手が登録している場合と比べて、年30万円の差になります。 今は小さくても、毎年じわじわ広がります。

医科の例：自費のクリニックと、保険中心の内科

美容皮膚科などの自費のクリニックが、免税の個人の先生に施術を業務委託し、 年1,100万円（税込、消費税100万円）払っているとします。 全部が自費の売上のための支払いなので、80%なら80万円、70%なら70万円。年10万円の差です。

一方、保険中心の内科（自費は健診など。割合10%）が、個人の清掃業者に年132万円（税込、消費税12万円）払っている場合。 12万円×80%×10%＝9,600円が、12万円×70%×10%＝8,400円になります。差は1,200円です。

受け取る側は、登録を求められることがほぼない

次は逆の立場です。 自費が年1,000万円以下で、消費税を納めていない医院の話です。

インボイスが要るのは、受け取った相手が消費税を引きたいときだけです。 患者さんは消費税を引きません。 だから自費のインプラントでも、美容の施術でも、患者さんからインボイスを求められることはありません。

例外は、会社が支払う売上です。 企業健診、産業医の報酬、生命保険の診査、講演料・原稿料。 相手の会社が「登録番号を教えてください」と言ってくることがあります。

そのときは、値引きと比べてください

例えば、免税の内科（個人）が、企業健診で年330万円（税込）を受け取っているとします。 ほかに予防接種・文書料などの課税売上が220万円あり、合計550万円です。

登録すると、会社に払ってもらう健診だけでなく、患者さんからもらう自費全体に消費税がかかります。 会社の損を値引きで埋めたほうが、ずっと安く済みます。 これに申告の手間と、税理士の費用が加わります。

知らずに登録した医院は、どうなるか

動画「インボイスを知らずに登録した末路」でお話しした内容は、医院にもそのまま当てはまります。 いちばん困るのは、すぐにはやめられないことです。

2割特例は、個人と法人で終わり方が違います

登録で納税することになった医院は、もらった消費税の2割を納めれば済む「2割特例」が使えました。 令和8年度の税制改正で、ここが変わっています。

医療法人には3割特例がありません。 登録している医療法人は、次の期から納税額が一気に増えることがあります。 特例が終わった次の期は、その期の申告期限までに届け出れば、簡易課税を選べます。 この届出を忘れないでください。

そもそも自費が1,000万円以下に戻っているなら、登録をやめるのも選択肢です。 ただし2年の縛りと、15日前の期限を必ず確認してから動いてください。 いつから納税する側になるかは自費が1,000万円を超えたらに書きました。

院長が今やること

先生の医院がどれに当たるかで、やることは決まります。

どのタイプでも、腕のいい技工所や、信頼している先生との取引をやめる理由にはなりません。 金額を出してみれば、多くの医院で年数万円の話です。 まず数字を知ってから、決めてください。

出典：国税庁「令和８年度税制改正特集（インボイス制度の見直し）」および「インボイス制度に関する令和８年度税制改正について」（令和８年５月改訂） （免税事業者等からの課税仕入れに係る経過措置の控除割合は令和8年10月1日〜令和10年9月30日70%・令和12年9月30日まで50%・令和13年9月30日まで30%、 一の事業者からの課税仕入れの上限は令和8年10月1日以後開始の課税期間から1億円、2割特例は令和8年9月30日までの日の属する課税期間で終了、 個人事業者は令和9年分・令和10年分に3割特例、2割・3割特例適用後の簡易課税選択届出は翌課税期間の申告期限まで）。 国税庁「インボイス発行事業者の登録を受けましたが、しばらくして必要ないと感じたらすぐに登録を取り消すことができるのでしょうか？」 （取消しは課税期間の初日から起算して15日前の日まで、免税事業者が登録した場合は登録日以後2年を経過する日の属する課税期間まで課税事業者）。 国税庁 質疑応答事例「日本標準産業分類からみた事業区分（P医療、福祉）」（医療業〔83〕は医療に附帯するサービス業〔836〕を含め第五種事業）、 総務省「日本標準産業分類」（歯科技工所は8361）。国税庁タックスアンサー No.6401「仕入控除税額の計算方法」、No.6505「簡易課税制度」。 試算は分かりやすさを優先した目安で、消費税は税込金額の10/110として計算しています。いずれも2026年10月時点。

最終更新：2026年10月7日

税理士・行政書士山下 久幸

福岡で税理士事務所を営む。医療法人の設立・税務と、資産形成・相続サポートを専門とする。

税理士と行政書士の資格を一人で保有し、法人化の判断から認可申請、設立後の顧問、相続の設計までを一貫して担当している。

プロフィールを見る →