国税庁の新システム「KSK2」と医院の税務調査｜変わったこと、変わらないこと

2026年9月24日、国税庁のシステムが新しくなりました。 「KSK2（ケーエスケーツー）」と呼ばれるものです。

「AIで全部見抜かれるようになる」「調査が一気に増える」。 そんな話を耳にした院長先生も多いと思います。 ただ、国税庁が公表している資料を読むと、書いてあることはもう少し地味です。

結論から言うと、変わったのは国税庁の「土台」で、医院がやるべきことは変わりません。 むしろ、データで見られる時代だからこそ、毎日の記録の差がそのまま出ます。

この記事では、KSK2について国税庁の資料で確認できることだけを整理し、 そのうえで医科・歯科それぞれ、調査で数字のずれが出やすいところを見ていきます。

KSK2は、国税庁の「土台」の入れ替えです

KSKは「国税総合管理システム」の略です。 全国の国税局と税務署をネットワークで結び、申告や納税の情報を地域や税目を越えて一つにまとめて管理する基幹システムです。 KSK2は、その後継です。

ひとことで言えば、紙で出しても、e-Taxで出しても、同じデータとして一か所に並ぶようになった、ということです。 法人税の申告は、すでに9割以上がe-Taxです（国税庁の公表では2025年度の速報値で91.8%）。 医療法人の申告は、もともとほとんどがデータで届いています。

「AIがすべて見抜く」は言いすぎです

ここは正確に書いておきます。 AIを調査先の選定に使うこと自体は、KSK2より前から始まっています。

国税庁の法人税の調査事績（2024年7月〜2025年6月）には、こう書かれています。 AIを使った予測モデルで調査の必要度が高い法人を抜き出し、 不正のパターン（売上・原価・経費のどこが怪しいか）を判定する。 それに申告書や資料情報の分析を加えて、最後は調査官が調査するかどうかを判断する。

つまりAIは「どこを見に行くか」を絞る道具で、間違いを確定させる道具ではありません。 調査先の選び方の細かい基準も、公表されていません。

読み取れるのは、調査の件数は減り、1件あたりの追徴は増えているということです。 広く浅く回るのではなく、データで当たりをつけてから行く。 そういう形に変わってきています。

もうひとつ。「簡易な接触」とは、税務署に来てもらったり、文書や電話で連絡したりして申告を直してもらうものです。 実地調査に来なくても、手紙や電話で「ここはどうなっていますか」と聞かれることは増えています。 個人開業の先生は、こちらのほうが身近かもしれません。

動画でもお話ししていますが、税務調査があるのは、日本が自分で計算して申告する仕組み（申告納税制度）だからです。 システムが新しくなっても、この前提は変わりません。 知らないから怖いのであって、中身が分かれば、やることは決まっています。

医院の数字は、もともと外から見えています

データで選ぶ時代に、医院が気をつけるべき理由はここです。 医院の収入と仕入れは、医院の外にも記録が残っています。

調査官がやることは、昔から同じです。外の記録と中の記録を突き合わせて、合わないところを聞く。 データが一か所にまとまると、その「合わない」が見つかりやすくなります。

業種別の数字も見ておきます。 国税庁が毎年出している「個人事業者の1件あたりの申告漏れが大きい業種」では、 直近の集計で眼科医が2位（1件あたり3,894万円）でした。 2020年7月〜2021年6月の集計では、内科医が3位でした。 詳しくは医科歯科の税務調査はここを見られるに書きました。

一方、法人税の「不正が見つかった割合が高い業種」の上位10には、診療所は入っていません。 医療法人だから特に狙われる、という数字は出ていないということです。 ただし個人の先生も法人の先生も、見られる場所は同じです。現金の自費と、在庫です。

歯科で、数字がずれやすいところ

歯科は、物の数と売上が対応するのが特徴です。 インプラントの本数、技工物の数、矯正装置。 仕入れや発注の記録から、自費の件数がおおよそ読めてしまいます。

矯正の前受金は、扱い方に考え方の幅があります。 受け取ったときに売上にするのか、治療の進み具合に合わせて分けるのか。契約の内容によっても変わります。 大事なのは、決めた方法を毎年続けることと、受け取ったお金が必ず帳簿のどこかに載っていることです。 期をまたぐ売上の考え方は、期ズレは調査の定番ですで詳しく書いています。

在庫は、医薬品と歯科材料の棚卸のとおり、数えていないと必ず指摘されます。 私はよく「在庫は、お金がものに変わっただけです」とお伝えしています。 100万円の材料は、100万円の現金と同じ。スタッフ任せにせず、院長が数え方を決めてください。

医科で、数字がずれやすいところ

医科は、窓口の現金と、保険以外の小さな収入に出ます。 保険診療がガラス張りなぶん、関心は記録が院内にしかないお金に向かいます。

国税庁が公表したAI活用の事例には、 「売上伝票を捨てて、その分の現金売上を外した」「売上代金を代表者の個人口座に入れさせた」 というパターンが並んでいます。 医院に置きかえると、窓口の現金と、院長個人の口座です。

医院のお金は医院の口座に集める。それだけで、説明はずっと楽になります。

家族への給与と交際費は、医科・歯科とも聞かれます

私は動画で、調査で必ず見られる5つとして ①売上のずれ・漏れ、②棚卸の漏れ、③院長と親族への支払い、④源泉所得税の漏れ、⑤収入印紙の貼り忘れ を挙げています。③は医院でも必ず聞かれます。④は非常勤の先生への支払いで起きやすいところです。

国税庁のAI活用事例には、「偽りの出勤表を作って、架空の人件費を計上した」というものもあります。 家族への給与そのものは、何も悪くありません。 ただ、勤務の実態が記録で示せるかが問われます。 タイムカードや勤怠のデータは、家族もスタッフと同じように残してください。

調査に強い医院の、毎日・毎月・毎年

データで選ばれる時代の対策は、隠す技術ではありません。 選ばれても、聞かれても、すぐに説明が出てくる状態を作っておくことです。

最後の行は、2024年1月からすべての事業者に求められています。 メールで届いた技工所の請求書、ネットで買った材料の領収書。 紙に印刷しただけで、元のデータを消していないか確認してください。

調査の当日は、聞かれたことに端的に答え、分からないことは「確認して後でお答えします」で十分です（理事長がやってはいけない3つのこと）。

結局のところ、調査対策は日々の整理整頓に尽きます。 書類は捨てない。月ごとにひとつのファイルに入れる。 頼まれた書類がすぐ出てくる医院は、それだけで印象が違います。

最後に。 KSK2で変わったのは、国税庁の側の道具です。 医院の側でやることは、昔から同じです。 記録を残し、外の数字と中の数字を合わせておく。 それができていれば、システムが新しくなっても、調査は怖いものではありません。

出典：国税庁「国税システムの更改について」（令和8年9月24日更改、様式・控用・お問い合わせ番号・電子交付の変更）、 e-Tax「国税システムの更改に伴うe-Tax仕様書等の情報提供について」（AI-OCRによる書面のデータ化と様式改定）、 国税庁「税務署窓口における各種手続の遅延について」（令和8年9月29日更新）、 国税庁「国税庁レポート2026」（KSKからKSK2への移行、内部事務のセンター化、国税庁におけるAIの活用、e-Taxのオンライン利用率〈令和7年度は速報値〉）、 国税庁「税務行政のデジタル・トランスフォーメーション－税務行政の将来像2023－」（システム刷新の3つのコンセプト、AI・データ分析の活用）、 国税庁「令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要」（実地調査件数・追徴税額、AI・データ分析の活用事例、不正発見割合の高い業種）、 国税庁「令和6事務年度 所得税及び消費税調査等の状況」（簡易な接触の件数、事業所得を有する個人の1件当たりの申告漏れ所得金額が高額な業種）、 国税庁タックスアンサーNo.1120（医療費控除）、No.5930（帳簿書類等の保存期間）、 国税庁「電子帳簿保存法の概要」「優良な電子帳簿の要件」。 調査先の選定基準は公表されていません。いずれも2026年10月時点。

最終更新：2026年10月7日

税理士・行政書士山下 久幸

福岡で税理士事務所を営む。医療法人の設立・税務と、資産形成・相続サポートを専門とする。

税理士と行政書士の資格を一人で保有し、法人化の判断から認可申請、設立後の顧問、相続の設計までを一貫して担当している。

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