税務調査の当日、何が起きるか｜クリニックの2日間

ある日、税務署から電話がかかってきます。 「税務調査にうかがいたいのですが」

多くの先生は、ここで頭が真っ白になります。 何をされるのか、何日かかるのか、診療は続けられるのか。分からないから怖い。

流れは決まっています。先に知っておけば、慌てずに済みます。

まず、電話が来ます

調査は、事前の連絡から始まります。 顧問税理士がいて、税務代理の届出が出ていれば、税務署は税理士に連絡します。 先生のところに直接かかってくることは、あまりありません。

連絡では、次のようなことが伝えられます。

連絡の受け方と日程の相談は、税務調査はいつ来るのかにまとめました。

何年分を見るかは、ここで分かります。 ふつうは3年分です。問題が見つかれば5年に、 隠していたと判断されれば7年にのびます。

日程は、相談して決められます

提示された日に、必ず合わせる必要はありません。 合理的な理由があれば、変えてもらえます。

とはいえ、何か月も引き延ばすのは得策ではありません。 印象が悪くなりますし、その間も延滞税は増えていきます。 2〜3週間先に落ち着くのが、ふつうです。

できれば休診日か、午後の診療がない日に当てるのがいいです。 院長が落ち着いて対応できます。

初日の午前中がすべてです

調査官は、たいてい朝10時ごろに来ます。2人で来ることが多いです。

そして午前中は、帳簿をほとんど見ません。 先生に話を聞く時間です。

世間話のように進みますが、全部が調査です。

特に窓口のお金の流れは必ず聞かれます。 誰がレジを締めるのか、現金はどこに保管するのか、いつ銀行に入れるのか。 ここで説明があいまいだと、午後からそこを重点的に見られます。

午後からは、帳簿を見ていきます

午後になると、調査官は黙々と帳簿を見はじめます。 先生は診療に戻ってかまいません。

質問があれば、その都度呼ばれます。 その場で分からないことは、無理に答えなくてかまいません。 「確認してお答えします」でよいのです。

あいまいな記憶で答えて、あとで違っていた——これがいちばん良くありません。 訂正すると、ほかの答えも疑われます。

2日目のあとが、実は長い

2日目の夕方に、その時点での指摘を口頭で伝えられることが多いです。 ただしここで終わりではありません。

この期間が、いちばん差がつくところです。 指摘に対して説明できるか、資料を出せるか。ここで結論が変わります。

言われたことを全部のむ必要はありません。 判断が分かれる論点なら、主張していいのです。 納得できないまま修正申告に応じると、あとから覆すのは大変です。

当日までに、これだけ用意する

④を飛ばさないでください。 心当たりがあるなら、調査の前に税理士に話しておく。 当日に初めて出てくるのが、いちばん悪い形です。

⑤も地味に効きます。受付の横に座られると、患者さんの目につきます。 個室か、診療の動線から外れた場所を用意してください。

最後に。 税務調査は、罰を与えに来るものではありません。 申告が正しいかどうかを確かめに来るだけです。

正しく記録して、正しく申告していれば、怖いものではありません。 医院で多い指摘は、売上の計上時期や 棚卸のような、 やり方を直せば二度と起きないものです。 どこを見られるかは医科歯科の税務調査はここを見られるにまとめました。

出典：事前通知の制度および通知される事項（実地の調査を行う旨、開始日時・開始場所、調査の目的、 対象税目、対象期間、対象となる帳簿書類その他の物件、調査担当者の氏名・所属官署など）は 国税通則法第74条の9。事前通知を要しない場合は同法第74条の10。 税務代理人がある場合の通知は同法第74条の9第5項・第6項。 調査の対象期間および更正・決定の期間制限（原則5年、偽りその他不正の行為があった場合は7年）は 同法第70条第1項・第5項。 日数や進み方は一般的な例であり、医院の規模や論点によって異なります。いずれも2026年9月時点。

最終更新：2026年9月11日

税理士・行政書士山下 久幸

福岡で税理士事務所を営む。医療法人の設立・税務と、資産形成・相続サポートを専門とする。

税理士と行政書士の資格を一人で保有し、法人化の判断から認可申請、設立後の顧問、相続の設計までを一貫して担当している。

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