福岡で医療法人に強い税理士の選び方｜医科・歯科の院長が確かめたい7つのこと

「福岡 医療法人 税理士」で検索すると、たくさんの事務所が出てきます。 どこも「医療に強い」と書いてあります。 ホームページだけでは、違いが分かりません。

この記事は、福岡で医療法人の顧問税理士を探している院長のためのものです。 いま個人で開業していて、法人化を考え始めた先生にも使えます。

結論から書きます。 医療法人にしかない手続きと、福岡の日程を知っているか。 これを初回面談の質問で確かめてください。 確かめる点は7つです。質問の言い方まで、そのまま使える形で書きました。

医療法人の税務は、一般の会社と何が違うか

医療法人の税理士選びで大事なのは、一般の会社との違いを知っているかです。 主な違いを並べます。

配当ができないので、利益は法人にたまり続けます。 持分ありの法人では、たまった利益の分だけ持分の評価が上がり、相続のときに重くなります。 くわしくは医療法人は配当ができないと 持分あり医療法人の相続に書きました。

消費税も、一般の会社と逆の結論になることが多いです。 保険診療が非課税なので、払った消費税がほとんど戻りません。

医師国保・歯科医師国保は、法人になったときに手続きをしないと続けられません。 日本年金機構の案内では、事実が発生した日から14日以内の申請が必要です。 期限が短いので、法人化の段取りに最初から入れておくものです。 詳しくは医療法人化と社会保険にあります。

事業報告書等の届出と資産の総額の変更登記は、株式会社にはない手続きです。 登記を怠ると過料の対象になり得ます。 一般の会社を中心に見ている事務所だと、ここが抜けることがあります。

福岡の医療法人に加わること

ここからは、福岡で医療法人をつくる・持つときの話です。 福岡県と福岡市の案内で確かめられたことだけを書きます。

設立の受付は、年2回です

福岡県は、医療法人の設立を年2回受け付けています。 説明会を受けてから、仮申請、本申請と進みます。 例年の予定は次のとおりです。

細かい日程は年度ごとに変わるので、毎回の福岡県の案内を確かめます。事前申込を逃すと、次の受付まで半年待つことになります。

申し込めるのは、本申請の受付日の時点で、個人で医療機関を1年以上経営している先生です。 開業して1年たたないうちは、申し込めません。

認可書が出たら終わりではありません。 そのあと設立登記、保健所への開設の手続き、厚生局への保険医療機関の指定申請と続きます。 1回逃すと半年待つので、税理士には「どの回に出すか」から逆算してもらう必要があります。

福岡市内だけの法人は、窓口が福岡市になります

設立したあとの手続きの窓口は、法人の事務所と医院がどこにあるかで決まります。

たとえば、福岡市早良区の歯科医院が糸島市に分院を出すと、窓口は福岡市から県に変わります。 また、福岡市が窓口の法人でも、合併・分割・解散などは県が扱います。 分院や再編を考えるときは、どこに何を出すかから確かめる必要があります。

福祉医療機構は、福岡市の新規開業では原則使えません

福祉医療機構は、診療所が「足りない地域」で新しく開くときに建物のお金を貸します。 2026年度の区分では、福岡市は一般の診療所も歯科も「足りている地域」です。 福岡市で新しく開くときは、在宅療養支援診療所などに当たらない限り、新築資金は原則として使えません。 すでにある診療所の建て替えや、物価高騰の資金は使えます。 くわしくは福祉医療機構（WAM）で借りるにまとめました。

確かめたいこと①〜④　医療法人の中身を知っているか

ここから7つです。 前半の4つは、医療法人の中身をどれだけ知っているかを確かめる質問です。

① 医療法人の担当経験

いま何件の医療法人を見ているか。医科と歯科のどちらが多いか。 件数そのものより、質問への答え方を見てください。 医療法人を多く見ている税理士なら、こちらが言う前に事業報告書や資産の総額の登記の話が出てきます。

医療の税務に詳しいかを確かめる質問は、医療法人に強い税理士の見分け方にも5つ書いています。あわせて使ってください。

② 設立認可まで頼めるか

医療法人の設立認可の申請書を作るのは、行政書士の仕事です。 税理士の資格だけでは、作れません。 税理士と行政書士が別の事務所だと、「節税の試算をした人」と「申請書を作る人」が分かれます。 役員構成や役員報酬の決め方が、途中で行き違うことがあります。

なお、設立登記は司法書士の仕事です。 どの部分を誰がやるのか、窓口は誰か。ここを最初にはっきりさせます。

③ 出資持分と相続まで見られるか

2007年より前に設立した「持分あり」の法人なら、持分の評価と相続が大きな論点です。 理事長が亡くなると、持分は相続財産になります。 相続人から法人に、持分の払い戻しを求められることもあります。

これから設立する法人は持分なしなので、この心配はありません。 かわりに、理事長の退職金をどう準備するかを、設立のときから考えておきます。 理事長退職金と医療法人の出口もあわせてご覧ください。

④ 融資の実績

医院の資金需要は、突然きます。 内科ならCTや内視鏡の入れ替え。歯科ならユニットの増設や分院。 どれも数千万円の単位です。

日本政策金融公庫、福祉医療機構、地銀・信金。 どこから借りるかで、期間も金利も変わります。 決算書を渡して終わりではなく、事業計画や資金繰り表まで一緒に作れるかが分かれ目です。 使い分けは公庫・福祉医療機構・地銀の使い分けに書きました。

確かめたいこと⑤〜⑦　付き合い方が見えるか

後半の3つは、契約したあと、どう付き合うことになるかを確かめる質問です。 知識より、こちらのほうが毎月の満足度に効きます。

⑤ 担当者は誰か

面談に来た税理士と、契約後に毎月来る担当者が違うことは、よくあります。 誰が担当でもかまいません。 大事なのは、判断が要る相談が、税理士本人に届くかどうかです。

事務所の規模による違いは、大きい事務所と小さい事務所に書きました。

⑥ 面談の頻度と、月次の数字の出方

医院の売上は、保険診療の分が診療した月の2か月後に入金されます。 入金の月で売上を入れていると、毎月の試算表がずれます。 税務調査でも、ここはよく見られます（保険診療の売上の計上時期）。

前の月の数字がいつ出るか。どの月の診療分として出るか。 それが分かっていれば、役員報酬を変える時期にも、機器を買う判断にも間に合います。 試算表の見方は毎月の試算表、どこを見るかにまとめています。

⑦ 料金が最初から見えるか

医療法人の料金は、月々の顧問料だけでは分かりません。 決算料、消費税の申告、事業報告書の届出、融資の資料作り、相続の相談。 どこまでが顧問料に入っていて、どこからが別料金かを、年間の合計で見てください。

自費の多い歯科医院や美容の医院は、消費税の申告が毎年あることも多いです。 その分が入っているかも確かめます。 料金の考え方は医療法人の顧問料の相場と 顧問料はどう決まるのかに、 契約書で見るところは顧問契約書のどこを見るかに書きました。

院長が面談の前にやること

いまの税理士を替えるか迷っている先生は、こんな税理士事務所は、変えたほうがいいも読んでみてください。 まだ個人開業で、いつ税理士をつけるか迷っている先生はクリニックが税理士をつけるタイミングが参考になります。

最後は相性です。 7つの質問にはっきり答えてくれて、話していて気が楽な人を選んでください。

当事務所の場合

同じ7つに、当事務所の事実だけで答えておきます。

税務顧問は、医療法人の先生を対象にしています。 個人開業の先生は、法人化のご相談からお受けしています。 料金と顧問の中身は医療法人専門の顧問税理士、 設立の流れと費用は医療法人設立サポート、 経歴はプロフィールに、すべて書いています。

最終更新：2026年10月23日

税理士・行政書士山下 久幸

福岡で税理士事務所を営む。医療法人の設立・税務と、資産形成・相続サポートを専門とする。

税理士と行政書士の資格を一人で保有し、法人化の判断から認可申請、設立後の顧問、相続の設計までを一貫して担当している。

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